インボイスをやめて免税事業者に戻るには？取消届出書の期限・「2年縛り」と、黒字経営を守るための判断ポイントを税理士が解説

「インボイス制度が始まったとき、取引への影響が読み切れず、とりあえず登録した。でも、自社の取引先を改めて見直すと、やはり免税事業者に戻したい」。

インボイス制度（適格請求書等保存方式）の開始から一定の期間が過ぎ、今後の事業方針をこう見直される中小企業の経営者や個人事業主の方が増えています。愛知県名古屋市天白区の森本経営会計事務所にも、こうしたご相談が寄せられるようになりました。

インボイスの発行事業者の登録は、手続きを行えばやめること自体は可能です。ただし、申請のタイミングや過去の登録時期によっては、「思ったとおりの時期に免税事業者へ戻れない」という落とし穴や、登録をやめた後も残る義務があります。

1. インボイス登録を取り消す基本ルールと「15日前」の期限

インボイスの発行事業者の登録をやめるには、税務署へ「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」（以下、取消届出書）を提出します。

ここで最も注意したいのが、提出のタイミングです。

この日を過ぎて提出すると、翌課税期間ではなく、さらにその次の課税期間（翌々課税期間）の初日からの取消しとなります。つまり、課税事業者として消費税を納める期間が想定より1年延びてしまう可能性があるということです。

なお、この日付は「期限」ではなく起算日から数える日として定められているため、土日祝日にあたっても翌営業日に後ろ倒しにならない点にも注意が必要です。日頃から自社の課税期間や納税予測を把握できていないと、思わぬ税負担につながる原因になります。

2. すぐには免税事業者に戻れない「2年縛り」の経過措置に注意

もう一つ、実務で見落とされやすいのが、経過措置を使ってインボイス登録をした場合の、いわゆる「2年縛り」です。

インボイス制度の開始にあたっては、本来は免税事業者だった方が「課税事業者選択届出書」を出さずに、登録申請書の提出だけで発行事業者になれる特例（経過措置）が設けられました。この特例を使い、制度開始（令和5年10月1日）を含む課税期間よりも「後」の課税期間から登録した場合は、注意が必要です。

この経過措置の適用を受けた事業者は、原則として「登録開始日以後2年を経過する日の属する課税期間」までは、たとえ登録を取り消しても免税事業者には戻れないとされています。

このように、登録日が年の途中だと、2年を経過する日が翌年にずれ込み、免税に戻れる時期がさらに1年後ろ倒しになることがあります。仕組みを正しく把握していないと、「やめたいのにやめられない」という事態になりかねません。

また、これらとは別に注意したい点として、次のようなケースでは追加の確認が必要です。

• 自ら「課税事業者選択届出書」を提出して課税事業者になっている場合は、別途「課税事業者選択不適用届出書」の提出も必要になります。
• 登録期間中に一定額以上の高額な資産（高額特定資産など）を取得している場合は、さらに長い期間、免税事業者に戻れないことがあります。

3. 登録をやめても「適格請求書の交付義務」は残ることがある

無事に登録取消が認められ、免税事業者に戻れたとしても、すべての義務から解放されるわけではありません。

実務上のポイントとして、インボイス発行事業者だった期間中に行った取引については、登録を取り消した後であっても、取引先から請求書の再発行や修正を求められた場合には、適格請求書を交付する必要があるとされています。

「もうやめたから関係ない」と対応を怠ると、取引先の経理処理に支障が出たり、大切な取引関係にひびが入ったりして、今後の売上や利益に影響しかねません。過去の売上データや請求書の発行履歴は、登録取消後もきちんと管理しておく体制が欠かせません。あわせて、登録を取りやめた事実は取引先へ丁寧に連絡しておくと、余計なトラブルを防ぎやすくなります。

4. インボイスの見直しは「節税」ではなく「経営管理」とセットで考える

インボイスの登録を続けるべきか、取り消して免税事業者に戻るべきか。この判断は、「消費税の負担を減らしたい」という節税の視点だけで決めるものではありません。

登録をやめれば消費税の負担は軽くなるかもしれません。しかし一方で、取引先から「インボイスが出せないなら取引条件を見直したい」「他の登録事業者に発注を切り替えたい」と言われる可能性もあります。そうなれば、会社の原動力である売上や粗利益（売上総利益）そのものが減ってしまうおそれがあります。

これらを踏まえずに、決算直前になって慌ててインボイスの取消を検討しても、先ほどの「15日前」や「2年縛り」に阻まれて間に合わない、というケースは少なくありません。

だからこそ、毎月の数字の動きや取引先ごとの利益率を「月次決算」で見える化し、それをもとにした経営計画とあわせて考えておくことが、黒字経営を続けるうえで重要になります。インボイスをどうするかは、税務の手続きであると同時に、会社の利益とお金の残り方を左右する経営判断だといえます。

まとめ

インボイスの登録を取りやめるには、取消届出書の提出タイミング（15日前の起算ルール）や、経過措置による制限（2年縛り）など、消費税法のルールを正しくクリアする必要があります。また、登録取消後も、過去の取引について適格請求書の交付を求められることがあるため、データ管理も引き続き重要です。

そして何より大切なのは、インボイスの選択を「単なる税金対策」ではなく、会社の「利益」と「お金」をどう残すかという経営判断として位置づけることです。

こうした流れを意識することで、目先の消費税だけにとらわれず、会社を健全に強くしていく判断がしやすくなります。

※なお、インボイス制度をはじめとする税制は改正が行われることがあり、個別の取扱いは会社ごとの状況によって異なります。実際に手続きを進める際は、最新の国税庁の情報を確認するか、税理士など専門家にご確認ください。

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税理士 森本 雄一

インボイス制度への対応やその見直しは、法的な要件だけでなく、自社のビジネスモデルや資金繰りにも直結する重要なテーマです。

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